Il suo carattere di ferro e la sua personalità di un leader spirituale divennero prominenti per la prima volta all’inizio del suo secondo anno in seminario, quando poco dopo aver ottenuto la tonaca Alek andò per 2 anni all’esercito. Nonostante l’indottrinamento ateo e spinto ad abbandonare la sua chiamata sacerdotale per incominciare a collaborare con il regime, Alek fu irrisolente, lanciò l’opposizione e sostenne i suoi amici anche se in cambio fu punito e ridicolizzato tale da dover fare molte ore di esercizi, strisciando al freddo o servizi igienici mancanti di pulizia in una maschera antigas. Il soggiorno nell’esercito ha portato a un deterioramento della sua salute. Nei primi anni del 1970, dopo essere tornato in seminario, si ammalò gravemente e fu quasi miracolosamente salvato. Nel quinto anno, come seminarista, cambiò il suo nome a Jerzy. Il 28 maggio 1972, nella Cattedrale arcivescovile di San Giovanni a Varsavia, Jerzy Popiełuszko ricevette il sacro ordine dal Cardinale Primate della Polonia Stefan Wyszyński. Don Jerzy volle dedicarsi ai fedeli. Nelle sue immagini inaugurali della Santa messa egli mise il motto: “Lo Spirito del Signore è sopra di me, perciò mi ha unto per evangelizzare i poveri” (Lu 4,18).

La posizione di cappellano del personale medico a Varsavia fu ufficialmente affidata a lui nel febbraio 1979. Quando celebrò la prima Santa Messa per gli infermieri nella Cappella di Res sacra miser, c’era solo una partecipante. In poco tempo, però, la messa divenne molto popolare. Nella memorabile domenica del 31 agosto 1980, quando l’intero paese era in sciopero, i lavoratori delle fonderie nelle acciaierie “Warszawa” stavano cercando un sacerdote che potesse celebrare la Santa messa in fabbrica. Il Cardinale Wyszyński inviò il suo cappellano a trovare una persona giusta. Il cappellano, senza alcun piano preliminare, tirato davanti alla Chiesa di San Stanislao Kostka. Nella sacrestia, si è scoperto che tutti i sacerdoti erano occupati, ma in quel momento Don Popiełuszko entrò nella stanza e accettò di andare. Per caso, sembrerebbe, iniziò la sua grande avventura spirituale di Ministero per i lavoratori. Dopo la messa, rimase nella fonderia fino alla sera quel giorno e, da quel momento, è venuto a visitare un paio di volte alla settimana. I lavoratori lo visitarono con intere famiglie, mogli e figli. Il sacerdote semplice e diretto che parlava un linguaggio semplice normale era straordinario.

Dall’inizio della legge marziale, Don Popiełuszko era il bersaglio della polizia segreta. Gli ufficiali arrivavano spesso alla canonica. Fuggì miracolosamente dalla detenzione. Rimanendo in libertà, si è applicato con tutto il cuore a fornire aiuto agli internati, alle loro famiglie ea tutti coloro che si trovavano in una posizione ristretta. Stava cercando i poveri e ha dato via tutto ciò che poteva, anche le sue stesse scarpe. Lui stesso indossava abiti vecchi e logori. Coloro che lo ricordano da quel momento sottolineano che non era in alcun modo legato alle cose materiali. La sua assistenza era anche psicologica e spirituale. Visitò i prigionieri e apparve regolarmente nelle aule giudiziarie, fornendo il sostegno richiesto a molti. Il 19 ottobre 1984, accompagnato dal suo autista Waldemar Chrostowski, Don Jerzy partì per Bydgoszcz, dove celebrò la Santa Messa e presiedette al servizio del Rosario nella Chiesa dei Fratelli Martiri Polacchi. Le ultime parole della sua riflessione sui misteri del Rosario erano le seguenti: “Preghiamo di rimanere liberi dalla paura, dall’intimidazione e, in primo luogo, dal desiderio di rappresaglia e violenza”.

Durante il viaggio di ritorno, la sera l’auto del prete fu fermata dalla polizia stradale. In realtà, questi erano ufficiali della polizia segreta che indossavano le uniformi dei poliziotti: Grzegorz Piotrowski, Waldemar Chmielewski e Leszek Pękala. Waldemar Chrostowski. Esso riuscì miracolosamente a liberarsi. La morte di Jerzy sarebbe stata attribuita a perpetratori sconosciuti. Gli assassini erano certi di essere impuniti, come avevano ricevuto dal loro superiore, Adam Pietruszka, permessi speciali che permettevano loro di muoversi liberamente attraverso il paese. Legato e con un bavaglio in bocca, fu sbalzato incosciente alcune volte con un bastone di legno. Quando gli assassini stavano gettando il corpo mutilato in un sacchetto di alluminio, con pietre aggiunte per un peso maggiore, nel fiume su una diga vicino a Włocławek, non era chiaro se Don Popiełuszko era ancora vivo. Il corpo fu scoperto solo il 30 ottobre. Per tutto quel tempo i polacchi pregarono per il ritorno di Don Jerzy. La notizia del rapimento e dell’omicidio del sacerdote ha scioccato il mondo intero. I partecipanti al funerale di Popiełuszko del 3 novembre 1984 furono da 600.000 a 800.000 persone da tutto il Paese. Fu beatificato il 6 giugno 2010 da Papa Benedetto XVI. Nelle sue prediche, esortava alla concordia. Il suo motto erano le parole di San Paolo: “Vinci il male con il bene”.