Il Gran Maestro Wignacourt aveva una grande devozione per San Paolo e stabilì la Festa del Naufragio di San Paolo il 10 febbraio, il giorno della sua elezione. Dall’ora fino ad oggi, il 10 febbraio è una festa nazionale a Malta. Wignacourt istituì il Collegio della Grotta di San Paolo a Rabat e pagò 8.900 scudi per abbellire il luogo in cui, secondo la tradizione, San Paolo visse durante i tre mesi trascorsi a Malta. Con lo scopo di difendere la Baia di San Paolo dagli attacchi dei corsari, Wignacourt scelse il punto strategico in cui oggi sorge la torre che porta il suo nome, cioè Torre di Wignacourt, di fronte all’ingresso della baia. Su quel sito, c’era una piccola cappella dedicata al naufragio di San Paolo. Il Gran Maestro demolì la piccola cappella e ne costruì una nuova nel luogo in cui si trova l’attuale cappella. L’architetto della chiesa fu, molto probabilmente, Vittorio Cassar, lo stesso architetto che fu responsabile della costruzione della Torre. La prima pietra fu posta dal Gran Maestro stesso il 10 febbraio 1610.

L’architettura è molto semplice. È un edificio rettangolare con una loggia sul davanti e sui due lati. Il fronte e i lati sono costituiti da tre archi con l’arco centrale che conduce a una porta rettangolare. La copertura del portico è costituita da lastre piane disposte su costole ad arco. Inoltre, sei cupole piatte decorano le logge laterali. Sulla parte anteriore, c’è una finestra circolare. L’intero edificio è rialzato da una piattaforma accessibile da una scalinata. Ciò conferisce all’edificio un aspetto imponente. La porta principale si affaccia ad ovest ed è decorata con lo stemma di Wignacourt, facilmente riconoscibile dal fleur de lys. Sopra il cappotto o le braccia, c’è una finestra circolare che dà luce alla cappella.

Ci sono tre dipinti in questa chiesa. Quello sull’altare principale rappresenta la narrazione del naufragio. Il Gran Maestro e l’artista sono raffigurati sul lato destro del dipinto. Il dipinto è in stile caravaggesco. La tavolozza consiste principalmente di colori piuttosto scuri. Il dipinto di destra rappresenta San Paolo nella casa di Publio, mentre quello di sinistra rappresenta gli abitanti che cercano gli interventi miracolosi di Paolo. I dipinti sono attribuiti a fra Pietro Urrea Camarasa Cassarino o a Lionello Spada.

Il vescovo Cagliares benedisse il santuario il 3 maggio 1617. Nel rapporto della sua visita pastorale, Cagliares fa riferimento a un certo numero di tombe cristiane nell’area. È un’indicazione che, dalla sua origine, questo santuario fu un luogo di venerazione. Lo stesso Gran Maestro Wignacourt incorporò la cappella alla Grotta di San Paolo a Rabat e affidò ai sacerdoti di Rabat i servizi pastorali nella cappella. Ecco perché, fino ad oggi, la cappella rientra nella giurisdizione del Collegio dei canonici della Grotta di Rabat. Durante la seconda guerra mondiale, questa chiesa fu gravemente danneggiata. I frati francescani di San Pawl il-Baħar hanno salvato i dipinti. L’edificio iniziò nel 1950. Fu ricostruito sul suo progetto originale e riaperto ancora una volta il 7 febbraio 1956 da s.e. mons. Michael Gonzi, arcivescovo di Malta.

Oggi, questo sacro luogo è uno dei centri di devozione paolina a Malta e molti pellegrini provenienti da oltreoceano visitano questa cappella. Molte coppie tengono la loro cerimonia di matrimonio qui. Serve ancora i bisogni pastorali della comunità locale, turisti e residenti estivi. Don Dione Cutajar è attualmente responsabile per i servizi pastorali offerti in questa cappella. Paolo, apostolo del Vangelo e maestro dei popoli, prega per noi Dio che ti ha scelto. Amen.